Oczywiście, można, lecz w innym katalogu niż jest zainstalowany działający już sklep. Należy również utworzyć nową bazę danych dla Zen Cart-a.

Istnieje wprawdzie możliwość wykorzystania tylko jednej bazy danych dla kilku programów (podczas instalacji nowego sklepu należy wpisać prefix dla tworzonych tabel inny niż posiadają tabele już istniejące w bazie), lecz rozwiązanie takie nie jest zalecane ze względu na stabilność działania i bezpieczeństwo danych.Również archiwizacja takiej bazy i jej późniejsze przywracanie może powodować niestabilność działania wszystkich programów korzystajacych ze wspólnej bazy.

Z możliwości wykorzystania wspólnej bazy danych powinni korzystać jedynie doświadczeni użytkownicy i to tylko w przypadku gdy rzeczywiście nie ma warunków do utworzenia odrębnej bazy.